Po vystúpení Martina Luthera v roku 1517 sa po Európe začala šíriť reformácia a v roku 1531 zasiahla aj Prešov. Potom viac ako 140 rokov evanjelickej cirkvi v meste patrili všetky tri kostoly.
Každá národnosť mala svoj kostol
Kostol Sv. Mikuláša využívali evanjelici nemeckej národnosti, Sv. Jána Krstiteľa evanjelici slovenskej a pre maďarských veriacich bol postavený južne od Slovenskej ulice nový kostol. Po viac ako trištvrť storočia už kapacitne pre mesto nepostačoval.
Mestská rada v Prešove sa rozhodla postaviť nový kostol na mieste staršieho kostola Sv. Ladislava, v blízkosti chrámu Sv. Mikuláša. Prvý základný kameň na novú stavbu položili 25. júla 1642 a 15. júna 1647 stavbu ukončili. Na ďalší deň - 16. júna 1647 bol kostol vysvätený ku cti Najsvätejšej Trojice. Stavbu financovalo slobodné kráľovské mesto Prešov za richtára Daniela Lengfelnera, dozoru šľachetného Adama Zimmermanna a obozretného Daniela Schneidera a šťastne bol dokončený 15. 6. 1647. O tom hovorí text vonkajšej pamätnej tabule nad portálom pri vchode do chrámu. Je to len kópia originálnej tabule, umiestnenej vo vnútri kostola.
Straty a zmeny
Evanjelici kostol využívali nepretržite do roku 1670, do potlačenia Vešeléniho sprisahania. Ešte skôr v roku 1665 bol položený prvý stavebný kameň na výstavbu kolégia, ktoré bolo postavené v rokoch 1666 - 1667. Po šíriacej sa reformácii nastala vlna protireformácie. Do Prešova prišli jezuiti a v roku 1673 im už patril kostol Sv. Trojice, ale aj ďalšie kostoly.
Jezuiti v meste spravovali okrem kostolov aj Mestskú školu a kolégiu. V období do skončenia posledného stavovského povstania ešte dvakrát určitý čas patril kostol pôvodným vlastníkom - evanjelikom. Jezuiti kostol nepretržite spravovali až do svojho odchodu v roku 1773. Keď im kostol patril, uskutočnili sa veľké zmeny vo vnútornom vybavení. Zriadili hlavný oltár Panny Márie a tri vedľajšie oltáre (Sv. Ignáca, Sv. Františka Xaverského a Bolestnej Panny Márie). Susedné kolégium prepojili krytou chodbou a ohradili sa kamenným múrom. K zmene došlo aj v iných zariadeniach stavby. Takto pôvodná renesančná stavba nadobudla mnohé barokové prvky. Všetky úpravy mali symbolizovať víťazstvo rekatolizácie nad reformáciou. Ešte krátky čas po odchode jezuitov kostol spravovali minoriti a prešiel pod správu komory.
Drevený kostol za hradbami
Po skončení stavovského povstania v roku 1711 vyšlo nariadenia pre prešovských evanjelikov. Museli opustiť kostol a mohli si postaviť na západnej strane mesta, za mestskými hradbami drevený artikulárny kostol (na mieste terajšej Ul. Tarasa Šavčenka). V roku 1770 Jozef II. už ako spoluvládca Márie Terézie sa vydal na cesty po krajine a navštívil aj Prešov, kde mal možnosť spoznať situáciu v meste.
V roku 1783 kostol Svätej Trojice v Prešove dali do dražby a o jeho kúpu prejavilo záujem viac inštitúcií aj jednotlivcov. Odkúpila ho aj s budovou kolégia evanjelická cirkev za 6-tisíc zlatých. Kostol po tomto období začal slúžiť pre všetkých evanjelikov v meste bez rozdielu ich národnosti. V tom čase sa k evanjelikom v meste hlásilo 2006 obyvateľov, z toho 1553 bolo slovenskej národnosti.
Po prevzatí aj evanjelici uskutočnili výmenu niektorých vnútorných zariadení z čias, keď kostol patril jezuitom. Odstránili hlavný oltár aj všetky tri vedľajšie. Odstránili spojovaciu chodbu s kolégiom aj múr. Ponechali pôvodné renesančné lavice a orgán z r. 1642. Zmenili vnútornú podobu kostola tak, aby zodpovedala požiadavkám evanjelickej cirkvi. Rozsiahlejšie opravy kostola sa uskutočnili v roku 1850, 1864, 1895 a potom po požiari v roku 1913.
Vzácny obraz aj krypta
Požiar poškodil pseudorománsky oltár z roku 1865 i obraz na oltári "Kristus a Samaritánka" od dvorného maliara britskej kráľovnej Viktórie, Karola Brockého. Bolo to jediné dielo autora s biblickým námetom, ktorý ho vytvoril na žiadosť svojho priateľa, prešovského ev. farára Mórica Kolbenheyera. Obraz zreštauroval Mikuláš Jordán a Ernest Rákosi a je umiestnený na hlavnom oltári od roku 1922.
Pôvodne bol kostol riešený ako typická renesančná loďová stavba s trojbokým zakončením, speváckymi tribúnami na poschodí po obidvoch stranách lode s organovou empórou na severnej strane podľa požiadaviek evanjelickej cirkvi.
Na severnom múre pri vchode sú osadené dva náhrobné kamene a jeden je už ťažko identifikovateľný, ale druhý, aj keď je poškodený, jeho text sa dá prečítať. Na západnom múre z vonkajšej strany na mieste presbytéria je mramorový renesančný epitaf: "Hrobka vznešeného a rozvážneho muža Božieho Jána Simonidesa z Hořovíc, obyvateľa Prešova, ktorý v kruhu štyroch synov a dvoch dcér pokojne zomrel dňa 17. septembra 1645. S úctou mu dala postaviť Anna Bergerová zo Šariša".
V suteréne kostola, pod hlavným oltárom je krypta, v ktorej sú štyri obete Prešovského krvavého súdu. Je tam uložených aj 17 pozostatkov jezuitov, ktorí v Prešove pôsobili, medzi nimi je aj staviteľ prešovskej Kalvárie jezuita František Perger.
Po vzniku ČSR evanjelická cirkev sa oddelila od uhorskej a vytvorila si dve svoje biskupstvá - jedno západného a druhé východného dištriktu. Tie sa postupne zastrešili metropolitným biskupstvom evanjelickej cirkvi. Biskupstvo východného dištriktu má svoje sídlo v kolégiu, v tesnej blízkosti chrámu Svätej Trojice.
Najdôležitejšie správy z východu Slovenska čítajte na Korzar.sme.sk.