decembri 1999 konštatoval porušenie ústavných práv bývalého námestníka riaditeľa SIS Jaroslava Svěchotu a zrušil uznesenie, ktorým ho vyšetrovateľ obvinil z trestného činu zavlečenia. Ešte v apríli toho istého roka však vydal uznesenie, ktorým zamietol podnet bývalého príslušníka sledovačky SIS Petra Skruteka, namietajúceho, že ho vyšetrovateľ v kauze únos predvolal na výsluch ako svedka. Skrutek je v súčasnosti stíhaný za spoluúčasť na zavlečení Michala Kováča ml. do cudziny. Svěchota aj Skrutek sa vo svojich podnetoch odvolávali na amnestie expremiéra Vladimíra Mečiara a tvrdili, že rozhodnutím Mikuláša Dzurindu o ich zrušení boli porušené ich práva. Skrutekov podnet pritom označil Šafárikov senát za "zjavne neopodstatnený".

V priebehu ôsmich mesiacov sa teda právny názor Šafárikovho senátu na tú istú vec úplne zmenil. V prípade Skruteka sa zhoduje uznesenie Šafárikovho senátu s viacerými uzneseniami senátu Jána Drgonca, ktorý odmietol rôzne podania exriaditeľa SIS Ivana Lexu a ďalších obvinených ako neopodstatnené. Ako dôvod bolo v každom z týchto uznesení uvedené, že autor podnetu nevyčerpal v rámci prípravného trestného konania všetky možnosti na ochranu svojich práv.

"Z dosiaľ zisteného stavu konania má Ústavný súd za preukázanú tú skutočnosť, že navrhovateľ podal podnet predčasne tým, že bez využitia všetkých zákonných prostriedkov ešte v priebehu prípravného konania, teda v čase, keď nebola podaná obžaloba, sa obrátil na Ústavný súd," uvádza sa napríklad v uznesení k podnetu bývalého zástupcu riaditeľa odboru sledovania SIS Róberta Beňa.

Tým, že Šafárikov senát zrušil obvinenie Svěchotu, konal protizákonne. Rozhodoval o podnete, ale konal, akoby išlo o ústavnú sťažnosť. V prípade podnetu môže Ústavný súd SR vydať iba nález. Ak rozhoduje o ústavnej sťažnosti, môže podľa zákona zrušiť rozhodnutie ústredného orgánu štátnej správy, miestneho orgánu štátnej správy a orgánu územnej samosprávy. Uznesenie o obvinení Svěchotu však vydal vyšetrovateľ, ktorý je orgánom činným v trestnom konaní, a jeho rozhodnutia Ústavný súd SR nemôže rušiť.