Podľa červených tvarovaných rímsových ostení a rebier ho začali tamojší obyvatelia nazývať Červený kláštor.

Červený kláštor dostal mnoho výsad a stal sa bohatým vlastníkom rozsiahlych majetkov a desiatich dedín.

Menil majiteľov

Po vyplienení husitmi (r. 1431) mu kartuziáni už nevrátili pôvodné postavenie a od 16. storočia začal kláštor upadať. Kartuziáni sa odsťahovali do Poľska a kláštor menil vlastníkov.

V roku 1568 bol Červený kláštor zalohovaný Gašparovi Magóczymu, za pomoc cisárovi Maximiliánovi vo vojne.

V roku 1609 panstvo kláštora nadobudol Štefan Tököly z Kežmarku a od neho o tri roky neskôr Juraj Horváth - Paločay, ktorému patrili rozsiahle majetky v Zamagurí. V roku 1625 sa stal vlastníctvom Pavla Rákociho, ktorý dal vybudovať niektoré jeho vnútorné zariadenie a opevnil ho múrom.

Od neho kláštorný komplex s panstvom odkúpil nitriansky biskup Ladislav Maťašovský. Majetok a kláštor mu osobne odovzdala kňažná Alžbeta Rákociová. Nový majiteľ ho mienil využiť pre rehoľné účely a daroval ho mníchom kamaldulom so želaním, aby do kláštora boli prijímaní iba jeho krajania.

Zakladateľ Kamaldulov

V roku 1704 Generálna Kapitula Rádu kalamdulov vyslala do Červeného kláštora dvoch mníchov, aby preskúmali situáciu a podali správu o stave kláštora svojmu predstavenému. Generálna rada ponuku prijala a v roku 1711 sa v kláštore usadili mnísi kamalduli.

Zakladateľom rádu kamaldulov bol Romuald, ktorý žil samotársky na miete, ktoré mu daroval gróf Maldoli pri Florencii, v horách Casa Maldolo alebo Campo di Maldoli - Camaldoli, kde v roku 1012 založil pustovňu a potom kláštor kamaldulov v ktorom sa uplatňoval pustovnícky a komunitný spôsob života. Pravidlá rádu spísal štvrtý prior Rudolf.

Prvý takýto kláštor bol zriadený na slovenskom území na Zobore pri Nitre v r. 1691, v Zamagurí v Červenom kláštore od roku 1711, na mieste, kde predtým boli kartuziáni.

Kamalduli sa svojimi regulami približovali kartuziánom. Po príchode kláštor pomenovali "Kláštor pustovníkov hory Troch korún". Celý objekt dali zrenovovať pre svoje potreby a vtedy dostal mnohé barokové prvky. Mnísi sa zaoberali poľnohospodárstvom, záhradkárstvom, rybolovom a liečiteľstvom. Bývali oddelene v celách - domčekoch pri ktorých mali miestnosť na spanie, prácu a záhradku pri ktorej si pred smrťou vykopali hrob, aby im pripomínal pominuteľnosť. Mali prikázanú mlčanlivosť, prerušenú len pozdravom "memento mori" - pamätaj na smrť. Zariadenie domčekov bolo veľmi skromné, prispôsobené asketickému životu. ústrednou budovou kláštora bol kostol, už s vežou a bohatšie zdobený ako u kartuziánov.

Kamalduli okrem regulí sa riadili heslom "Žiť sám s Bohom a pre Boha". Vyznačovali sa samotou života, prísnym pôstom, mlčanlivosťou a sebatrýzne (bičovaním). Rozdeľovali sa na otcov (kňazov) a bratov (frátrov). Člen rádu musel dosiahnuť vek 20 rokov. Stravu mali bezmäsitá. Nesmeli sa stretávať so svetskými osobami. Dvakrát do týždňa sa stretávali v záhradke pri spoločnej práci a rozhovore.

Mnísi: Hadbavný a Cyprián

Významnou osobnosťou kláštora bol mních Romuald Hadbavný z Machaloviec na Spiši, ktorý spracoval pravdepodobne prvý Latinsko-slovenský slovník a bol prvým prekladateľom Biblie do slovenčiny. Ešte výraznejšou osobnosťou bol mních Cyprián, ktorý bol v kláštore od šiestich rokov a bol vyslaný do učenia do Levoče a na štúdiá do Vratislavy. Poznatky z botaniky nadobudol v Radošine. Pochádzal zo Sliezska. Podrobnejšie sa čitateľ môže o ňom dozvedieť v osobitnom článku. Bol všestranne veľmi nadaný a keďže nebol kňazom, musel v kláštore vykonávať všetky práce. Zachoval sa po ňom pre súčasnosť 97 stránkový herbár zaviazaný v koži, lekárske náradie, ktoré využíval pri práci ako lekár (ranhojič). Dokonca zachovala sa aj povesť, že zostrojil krídla, ktorými letel ponad Dunajec.

Rozhodnutie o zrušení kláštora bolo mníchom prečítané 24. apríla 1782 a do 24. septembra museli kláštor opustiť. Vtedajší prior Alexander (Gašpar Benčík), ktorý pochádzal z kopijnickej obce Svätý Ondrej pri Poprade kláštor odovzdal do správy komory.

Po odchode kamaldulov odmietli osadníci 9 obcí obrábať pôdu, ktorá dovtedy patrila pod Červený kláštor. Bol to začiatok, kedy kláštor začal pustnúť a v roku 1907 jeho ďalšiu skazu dovŕšil požiar.

Po vzniku prvej ČSR niektoré časti kláštora dali opraviť členovia Klubu slovenských turistov a lyžiarov v Prešove, za podpory štátu a Spišského dejepisného spolku. Po zriadení prešovského gréckokatolíckeho biskupstva v r. 1818 bol pričlenený pod jeho správu. V r. 1956 bol komplexne opravený. O desať rokov v ňom umiestnilo expozíciu Východoslovenské múzeum a od r. 2000 ho spravuje Staroľubovnianske múzeum.